上期我们一起了解和学习了什么是扩增子测序技术，本期小编继续带小伙伴们一起了解和学习什么是宏基因组？什么是宏基因组学技术？
宏基因组
宏基因组（Metagenome，Environmental或Community Genome）是指某一特定生境中全部微生物遗传物质的总和，包括可培养的和尚不能培养的微生物基因组。
宏基因组学
宏基因组学（Metagenomics），也称元基因组学，利用二代测序技术（NGS）或三代PacBio高通量测序平台以特定环境下微生物群体基因组为研究对象，在分析微生物多样性、种群结构、进化关系的基础上，可进一步探究微生物群体功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系，发掘潜在的生物学意义。目前主要包括对病毒宏基因组学和细菌宏基因组学的研究。
与传统微生物研究方法相比，宏基因组测序技术规避了绝大部分微生物不能培养、痕量菌无法检测的缺点，因此近年来在环境微生物学研究中得到了广泛应用。
与二代测序方法相比，三代宏基因组采用PacBio SMRT测序的长读长可以轻松覆盖基因区间或基因特异性区域，减少部分拼接错误，更真实反应菌群的复杂组成，有效提高微生物群落鉴定的分辨率，为深入功能研究奠定完美基础。
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技术路线
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样本要求
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三代宏基因组优势
通过对PacBio原始错误率的矫正，可以得到高质量CCS Reads，最低准确率达到99%以上，从而较完整地覆盖大多数微生物基因或基因的特异性区域，无须组装即可进行菌群组成、功能基因注释和代谢通路分析。
基于高质量CCS reads的三代组装策略，增加了来自不同微生物的reads的特异性，有效避免了不同个体reads之间的交叉组装，精确还原环境中微生物组成和功能基因信息，实现对菌群数据的深度挖掘。
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案例分析
英文题目：Long-read metagenomic exploration of extrachromosomal mobile genetic elements in the human gut
译名：长读长宏基因组测序探究人类肠道中染色体外的可移动基因元件
期刊：Microbiome
影响因子：10.465
摘要：
阐明人类肠道中染色体外可移动遗传元件（eMGEs），如质粒和噬菌体的生态和生物学特性，由于其高度的复杂性和多样性，仍然具有挑战性。长读宏基因组学为探索人类肠道中未知的eMGEs提供了一种有效的方法，积累的数据为深入了解人类肠道微生物生态学提供了一种替代资源。
图1 使用PacBio SMRT系统和短读测序仪对13个粪便样本进行宏基因组测序的统计
图2 71个质粒CCs的全序列比较及6个crAssphage线性基因组的结构
图3 IGCJ数据集中eMGEs的定量分析
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