宏基因组是研究微生物群落的有效工具，但其难以将序列“归类”到群落组成中的物种和菌株水平。与 Hi-C 技术应用到真核生物染色体水平参考基因组辅助组装原理类似，Hi-C /3C技术可运用到宏基因组的组装，提升宏基因组组装结果，将宏基因组组装 contigs 聚类物种和菌株水平：与不同细胞（微生物）相比，来源于同一个细胞（微生物）内的 DNA 分子互作更强，基于此原理可将来自于同一种微生物的 contigs 序列聚类到同一个 groups 中，并对 group 进行物种鉴定。
Hi-C 对宏基因组 bin 结果进一步聚类到物种或菌株水平
Hi-C 不仅将宏基因组结果聚类到物种和菌株水平，还可以将微生物群落中质粒、噬菌体与宿主细菌进行关联。菌株间基因水平转移是由各种耐药基因的可移动遗传元件（如质粒、整合子、噬菌体、转座子等）介导完成，这些可移动遗传元件可在同种和不同种细菌菌株间传递，从而使细菌的耐药性得以快速传播，受体菌表现为多重耐药。解析宿主-质粒、宿主-噬菌体的关联对于理解抗生素耐药性的生态学及耐药性基因在临床的途径传播是至关重要的，也是设计和执行干预方法来减少细菌感染威胁的前提条件。
3C技术作为Hi-C技术的前身，Meta 3C同样可用于关联可移动遗传元件（抗性基因、质粒和整合子）与宿主基因组。重要的是，Meta 3C是通过3种四碱基限制性内切酶（HpaII、MluCI、Sau3AI）直接对每个样本构建3个3C文库，不需要标记生物素，实验过程相对简单，并且能较好地保证菌群中多种微生物的GC覆盖，更适用于宏基因组组装，可弥补单纯的宏基因组测序难以将序列“归类”到群落组成中的物种和菌株水平的缺陷。Meta Hi-C聚类的污染度较低，适用于关注质粒、移动元件等生物学问题。
Meta 3C实验流程
应用方向
1、宏基因组组装contigs聚类到微生物种属水平；
2、关联可移动遗传元件（抗性基因、质粒和整合子）与宿主基因组。
技术路线
产品参数
微信公众号
027-87224696
|
marketing@frasergen.com
|
