2022年转录调控依然是研究的大热方向，特别是基于RNA-seq、Iso-seq等组学技术开展的转录调控研究更是硕果累累，以“RNA-seq”为关键词在Pubmed搜索，可以发现从2010年到2022年，文章发表数量一直呈现上升的趋势。
“RNA-seq关键词”文章统计（数据来源Pubmed）
但基于组学技术的转录调控文章这么多，如何去粗取精，能成功学习到“前辈”们的发文诀窍，或者从大量的文章中找到与自己相似的或可借鉴的文章就显得尤为重要。为了能给大家提供一些帮助，小编呕心沥血整个2022年，精选汇总了223篇文献，分类研究方式、研究物种及研究重点，希望能为大家提供帮助。小编也选取其中几篇简读，文献包链接附在文末~
RNA-seq
文章标题：非洲猪瘟对巴马小香猪的感染特征及转录情况（文献包编号202）
发表期刊：Microbiol Spectrum（IF=9.04）
研究物种：猪
研究概述：
非洲猪瘟病毒(ASFV)的动物实验对ASFV的研究至关重要；然而，ASFV只能感染猪，动物实验需要在动物生物安全3级(ABSL-3)实验室进行，这意味着许多小型ABSL-3实验室无法进行体内ASFV实验。因此，迫切需要小型化的ASFV感染实验动物。研究中成功地从野猪中分离出ASFV SY-1Ⅱ，并在一个小型ABSL-3实验室的负压隔离器中评估了感染ASFV的巴马小型猪。感染ASFV的巴马小型猪的病理变化与感染ASFV的家猪和野猪的病变特征一致。所有猪在感染后5-14天(Dpi)肌肉注射死亡。从鼻拭子、口腔和直肠拭子样本中首次检测到病毒基因组DNA的时间为2到4dpi。与对照组相比，来自脾和腹股沟淋巴结样本的常见差异表达基因聚集在免疫相关、代谢和炎症反应途径中。综上所述，这些结果表明巴马小型猪是一种适合在小型ABSL-3实验室感染ASFV的模型，可以加速疫苗和抗病毒药物的研究，揭示ASFV感染的致病机制。
图1 感染前后差异表达基因
Iso-seq+RNA-seq
文章标题：棉花CMS-D8恢复系全长转录的复杂性及新见解（文献包编号72）
发表期刊：Front Plant Sci（IF=6.63）
研究物种：棉花
研究概述：
杂交已经全面且高效地提高了世界范围内的作物产量。细胞质雄性不育(CMS)系统已成为商品化杂交棉制种的有效工具。含有显性Rf2基因的恢复系可以恢复CMS-D8不育系的育性。然而，CMS-D8棉花育性恢复的分子机制尚不清楚，这限制了三系杂交育种的广泛应用。本研究应用PacBio Iso-Seq技术对CMS-D8棉花育性恢复机理进行了研究。总共从发育中的花蕾中获得了228,106个全长非嵌合转录组序列。分析结果确定了3,174个新的异构体，2,597个新的基因位点，从新的异构体中预测的652个长的非编码RNA，7,234个选择性剪接事件，114个融合转录本，以及1,667个交替多聚腺基化的基因。与恢复功能相关的两个新基因GHIR_D05.742.1和M64033_190821_201011/21103726/ccs在恢复系中的表达水平显著高于不育系和保持系。我们的比较全长转录组分析为Rf2育性恢复基因的分子功能提供了新的见解。本研究结果为CMS-D8棉花育性恢复候选基因的发现提供了平台。
图2 PacBio鉴定到的新转录本功能注释
多组学
文章标题：综合代谢物图谱和转录组分析研究当归苯酞生物合成途径中的酶（文献包编号81）
发表期刊：Front Plant Sci（IF=6.63）
研究物种：当归
研究概述：
当归以其促进血液循环的功效而闻名。虽然许多研究表明，邻苯二甲酸酯类化合物是其药理作用的主要化学成分，但对其生物合成途径和转化不同邻苯二甲酸酯类化合物的酶类仍知之甚少。我们使用转录组和代谢物图谱分析确定了108个潜在的苯酞积累的候选转录本。然后，通过在大肠杆菌中异源表达，鉴定了6种酶：磷酸-2-脱氢-3-脱氧庚酸缩醛酶2、莽草酸脱氢酶、伯胺氧化酶、多酚氧化酶、酪氨酸脱羧酶和莽草酸O-羟基肉桂酰基转移酶。基于我们的研究结果，我们提出了当归体内苯酞转化和生物合成途径的可能机制。我们的研究结果可以为了解苯妥英积累和转化的机理提供有价值的信息，并为进一步开展当归栽培过程中的质量控制提供依据。
图3 差异表达转录本火山图和聚类图
受限篇幅，只对上述三篇进行简读；新春将至，小编也将给各位呈上诚意满满的文献包，除了文献原文以外，也对每篇研究的方向进行了简单总结，希望能对老师们的文章发表提供帮助。
获取链接：
https://pan.baidu.com/s/1bHXYLwcCyFoN0HIVkh7b-A?pwd=raxf
提取码:raxf
微信公众号
027-87224696
|
marketing@frasergen.com
|
