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        自2018年9月永利集团3044助力黄颡鱼和中国鱚鱼基因组发布以来，永利集团3044水生动物基因组再创佳作！中国科学院海洋研究所联合永利集团3044研究团队基于PacBio测序平台和Hi-C技术获得了条石雕高质量的参考基因组。该基因组的获得有助于研究鱼类性别决定机制，丰富了抗性育种系统中的基因组辅助资源。该成果于2019年2月以“Genome sequence of the barred knifejaw Oplegnathus fasciatus (Temminck & Schlegel, 1844): the first chromosome-level draft genome in the family Oplegnathidae”为题发表在《GigaScience》。

样本：

背部肌肉组织（DNA，基因组）      血液（Hi-C）

测序平台及策略：

Illumina（300~350 bp小片段文库） PacBio Sequel（20 kb文库）  Hi-C（Illumina，小片段文库）

Survey分析：

        利用Illumina数据（80.8 Gb clean data）和组装软件Platanus预估该条石鲷基因组大小约为744.5 Mb，杂合度为0.29%，重复序列含量为38.46%，GC含量为41%。其中contig N50=7.2 kb，scaffold N50=84.1kb。

条石鲷基因组k-mer分布图

基于PacBio长读长数据的基因组草图组装：

        利用PacBio Sequel 平台获得了62.9 Gb raw data，借助Canu v1.4 软件组装得到条石鲷基因组大小为875.9 Mb，高于Illumina数据估算的基因组大小。这个原因可能与基因组复杂性，如结构变异和杂合性等因素有关。 因此，我们使用Redundans v0.13c去除冗余序列，SMRT Link 5.0 软件中的Arrow工具进行PacBio数据的自我矫正，又借助Illumina数据进一步校正，获得条石鲷基因组大小为778.7 Mb，contig N50 = 2.1 Mb。通过与以前Illumina数据获得的基因组相比发现，长读长对于基因组的组装有更大的优势。

条石鲷基因组的组装统计

基于Hi-C技术的染色体挂载：

        基于染色体内的互作强度大于染色体间的互作，同一染色体内，距离越近，互作越强的两大原理，利用Hi-C数据，通过聚类、排序、定向三大步骤，最终将所有的congtig挂载到24条染色体上。最终的基因组大小为768.8 Mb，contig N50= 2.1 Mb，scaffold N50=33.5 Mb，contig长度大于100 kb的序列挂载率达到99.7%。

条石鲷全基因组（包含24条染色体）Hi-C互作热图

基因组质量评估：

        通过BUSCO评估发现，在4584个预测的辐鳍鱼纲基因中，组装出了96.6%的完整单拷贝基因，说明组装结果较完整。为了评估组装的准确性，将小片段文库数据采用BWA软件比对到组装的基因组上，使用GATK进行SNP Calling，统计发现杂合和纯合的SNPs占比分别为99.8%和0.2%，表明该组装具有较高的单碱基正确率。

重复序列注释：

        为了识别串联重复序列，本研究使用Tandem Repeat Finder对重复序列进行注释，鉴定重复序列占条石鲷基因组的33.9% ，约23.4%是TEs类型。其中DNA转座因子占比11.5%，LINEs占比7.3%，LTRs占比4.0%。

条石鲷基因组的重复序列分类

基因注释：

        本研究使用Cufflinks预测基因结构，然后使用MAKER进行基因模型的整合，最终获得了24,003个蛋白编码基因，每个基因平均含有10.1个外显子。平均转录本长度为16.1 kb、外显子平均长度为217.7 bp，内含子平均长度为1527.4 bp。通过与NT、NR、GO、KEGG等数据库比对，发现97.3%的基因至少在一个数据库中被注释到。通过tRNAscan-SE和Rfam数据库，对microRNAs、tRNAs、 rRNAs和snRNAs进行非编码RNA注释。

基因家族鉴定和进化树分析：

        根据编码蛋白基因的系统发育树分析，发现条石鲷与大黄鱼（Larimichthys crocea）有密切的亲缘关系，且条石鲷大约在7050万至8850万年前与它们的共同祖先发生分歧。

条石鲷与其他鱼类的系统发育关系