2021年永利集团3044转录调控业务线收获满满，上万个样本检测，数百个项目交付，近20篇项目文章发表。一年走来，成果丰硕，小编今天也用3个关键词为大家回顾2021菲沙转录调控业务线，同时也用关键词集锦展示项目文章。
2021菲沙转录调控关键词
“超值”
永利集团3044转录调控业务线全年为大家献上“超值”服务。4月，升级促销五重豪礼；5月，全转录组培训班如火如荼；9月，超低折扣秋季开学促销；11月，冬季预付诚意满满。不仅有“超实惠”的活动促销，还有“超有料”的培训课程，来菲沙，物有所值，物超所值！
2021菲沙转录组调控关键词
“全面”
2021年，永利集团3044转录调控业务线协助上百家科研单位，完成了数百个转录调控项目，检测近万份样品，涉及全长转录组、二代转录组、全转录组等上十个产品，为科研伙伴持续提供高质且全面的科研服务。一枝独秀不是春，百花齐放春满园，丰富的项目经验，全面的产品内容，来菲沙，竭尽所能，做您所想。
2021菲沙转录调控关键词
“高产”
2021年永利集团3044协助客户陆续在《BMC Genomics》、《Genomics》、《Science of the Total Environment》等知名杂志发表转录调控方向文章，物种涉及植物、陆生动物、水生动物、细菌等，影响因子总分达到70+，相比于去年再次进步。来菲沙，专业的分析团队，提供多样化的分析内容，助力高质量文章发表。
小编也将今年的项目文章进行汇总解读。
01
全长转录组
PacBio SMRT技术助力亚麻耐旱性机制研究
Transcriptome analysis and molecular mechanism of linseed (Linum usitatissimum L.) drought tolerance under repeated drought using single-molecule long-read sequencing
研究结果：研究综合采用SMRT和illumina测序技术，对旱作抗旱品种和旱作敏感品种幼苗在DS和RD胁迫下的转录组数据进行了全序列分析。结果表明，Z141上调的基因比NY-17在DS下富集更多与植物抗旱性相关的功能通路。4436个亚麻籽转录因子中有1190个对胁迫反应敏感。脯氨酸生物合成途径通过RAD50相互作用RIN-1以响应胁迫基因。脯氨酸在亚麻籽抗旱性中发挥重要作用，可维持细胞渗透，保护DNA免受活性氧的损害。本研究是首次利用单分子长读长序列在全基因组范围内比较和分析不同抗旱性亚麻品种在不同干旱处理下的基因表达谱，为了解亚麻的干旱适应性提供一个新的视角。
图1 胁迫响应差异基因功能分析
3+2转录组助力解析辣椒毛状体形成机制研究
Transcriptome profiling of Capsicum annuum using Illumina and PacBio SMRT‑based RNA‑Seq for in‑depth understanding of genes involved in trichome formation
研究结果：研究对有毛GZZY-23和无毛 PI246331的两个辣椒品种进行3+2转录组测序分析，鉴定了辣椒毛状体形成的相关基因和途径。共获得40079个基因，其中4743个新基因和13568个差异表达基因(DEGs)。其中，筛选了11个与毛状体发育相关的DEGs；151个DEGs参与植物激素信号转导312个DEGs，属于MYB、bHLH、HD - Zip和锌指转录因子家族；1629个基因被预测为植物抗性基因(PRGs)。本研究获得的转录组数据为研究人员后续深入研究辣椒毛状体的形成的分子机制提供了理论依据。
图2 辣椒品种表型差异及相关TFs间差异基因表达分析
全长转录组助力解析棉花育性恢复基因研究
Single-molecule real-time transcript sequencing of developing cotton anthers facilitates genome annotation and fertility restoration candidate gene discovery
研究结果：研究利用全长转录组技术，对陆地棉的恢复系品系进行了研究。鉴定出了大量新的转录本和结构变异信息。同时通过转录组比较分析，新发现了2个在恢复系中特异性高表达基因，且都位于恢复系的Chr_D05上，因此将在后续中作为候选Rf1基因。本研究为进一步研究棉质雄性不育细胞质核相互作用的分子机制和Rf1研究奠定了基础。
图3 AS事件检测及验证
02
二代普通转录组
转录组测序鉴定桂花类胡萝卜素代谢相关的潜在转录因子
CPTA Treatment Reveals Potential Transcription Factors Associated with Carotenoid Metabolism in Flowers of Osmanthus fragrans
研究结果：CPTA处理显著提高了桂花中番茄红素、α-胡萝卜素和β-胡萝卜素的含量。CPTA可触发类胡萝卜素代谢通路基因的连锁反应，显著诱导4个表达上调和10个表达下调的转录因子，这些转录因子与类胡萝卜素的变化密切相关。进一步对MYB43、MYB123、HSF等表达上调的转录因子在不同花色品种中的转录表达进行研究，4个上调转录因子的表达与类胡萝卜素在不同品种中的积累相关。桂花瞬时过表达OfMYB43可显著促进PDS、ZISO、LCYE和CCD4的表达，导致β-类胡萝卜素积累增加。本研究为深入了解桂花类胡萝卜素代谢的分子机制提供理论依据。
图4 CPTA处理后，类胡萝卜素代谢基因表达分析
03
多组学联合
转录组+代谢组解析板蓝根多倍体反应调节因子
Integrative analyses of targeted metabolome and transcriptome of Isatidis Radix autotetraploids highlighted key polyploidization-responsive regulators
研究结果：研究通过使用转录组+代谢组学的方法，通过分析代谢合成的关键节点，构建基因-代谢物网络，表明多倍化是同源四倍体板蓝根活性物质含量较高的原因，其中基因-木脂素途径网络分析也鉴定出了多种多倍体响应的关键功能基因和调控因子。
图5 差异转录因子和差异代谢产物网络
永利集团3044公众号2021年已推送转录调控方向技术推文20篇，囊括项目文章解读、研究思路汇总、高分文献分析、最新技术展示等多方面，综合最有用的研究思路、分享最新的研究热点，从“RNA编辑”到“多组学分析”，汇集转录调控各方各面。新的一年我们会再接再厉为大家带来更多有帮助的内容。
2021一路走来，非常感谢各位老师对我们的支持与帮助，2022永利集团3044期待再和大家一起“玩转”转录组。
参考文献：
1.Wang W, Wang L, Wang L, et al. Transcriptome analysis and molecular mechanism of linseed (Linum usitatissimum L.) drought tolerance under repeated drought using single-molecule long-read sequencing. BMC Genomics. 2021;22(1):109. Published 2021 Feb 9.
2.Gao S, Li N, Niran J, et al. Transcriptome profiling of Capsicum annuum using Illumina- and PacBio SMRT-based RNA-Seq for in-depth understanding of genes involved in trichome formation. Sci Rep. 2021;11(1):10164. Published 2021 May 13.
3.Li T, Zhang X, Guo L, et al. Single-molecule real-time transcript sequencing of developing cotton anthers facilitates genome annotation and fertility restoration candidate gene discovery. Genomics. 2021;113(6):4245-4253.
4.Xi W, He Y, Zhu L, et al. CPTA Treatment Reveals Potential Transcription Factors Associated with Carotenoid Metabolism in Flowers of Osmanthus fragrans[J]. Horticultural Plant Journal(园艺学报:英文版), 2021, 7(5):9.
5.Zhang Z, Tan M, Zhang Y, et al. Integrative analyses of targeted metabolome and transcriptome of Isatidis Radix autotetraploids highlighted key polyploidization-responsive regulators. BMC Genomics. 2021;22(1):670. Published 2021 Sep 17.
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