高质量Meta3C和MetaHiC文库助力细菌基因组组装
研究者用10个健康成人的冷冻粪便样本构建得到人肠道微生物的高质量Meta3C和MetaHiC文库，MEGAHIT组装后得到总大小为3.45GB的1,485,156个contigs，经由metaTOR分箱得到19122个小bins（10-500kb）和1100个大一些的bins（>500kb），后者为宏基因组组装基因组（MAG）。研究者使用CheckM评估MAGs，确定了304个高质量和411个中级质量MAGs，由它们构建的系统进化树中包含有健康人肠道菌的物种。将这715个MAGs比对到GTDB-Tk数据库的最新参考基因组，在不同分支中成比例分布的新MAGs大部分是梭菌。
10个健康人类肠道样本的MAGs
人肠道内的噬菌体-宿主网络
研究者利用VIRSorter和VIBRANT对1,485,156contigs分别注释有4649和7918个可能的噬菌体，得到9488个唯一注释的噬菌体contigs，DemoVir的物种注释结果显示其主要是有尾噬菌体目。噬菌体contigs和1100个细菌MAGs的反式互作结果揭示了，人肠道中的大部分噬菌体（~70%）是特异性的，它们都只感染唯一的细菌。这种关系在不同样本间的稳定性以及特异性得到了进一步分析的证实。其中标记有噬菌体contigs的进化树也对这一关系予以了佐证。
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