1、基因活性调控序列图谱分析
染色质结构的开放状态影响蛋白的结合，开放程度也能反映出染色质转录活性，因此，获得特定时空下全基因组活性调控区域，对基因表达调控研究具有重要意义。通过 ATAC-Seq实验，分析reads的分布和Peak检测结果，绘制出每个样品在整个基因组水平上的活性调控图谱。
不同样本间基因活性调控序列图谱
2、motif分析转录因子结合蛋白
分析ATAC-seq获得的染色质开放区域的motif，推测其结合的转录因子等调控蛋白。
motif分析转录因子结合蛋白
3、ATAC-seq与RNA-seq联合分析，分析基因结构开放状态与基因表达水平的关系，发现潜在的调控元件。
基因结构开放状态与基因表达水平关联分析
4、低起始ATAC-seq
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