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文章题目：Two Gap-free Reference Genomes and a Global View of the Centromere Architecture in Rice

发表时间：2021年6月

组学技术：基因组+转录组+甲基化

研究结果：研究者采用高深度的HiFi和CLR测序，组装出0 gap的ZS97和MH63 R3版本参考基因组（基因组大小分别为391.56Mb和395.77Mb）。基于Gap free的参考基因组，研究者对水稻12条染色体上着丝粒区域的结构和功能进行了详细研究，发现着丝粒核心区域的长度在不同染色体上存在10倍差距。在ZS97和MH63着丝粒区域，研究者分别鉴定到了395个和539个非TE基因，但其转录活性低、特异性表达的比例低，且大多数活跃转录的基因位于着丝粒周围区域。此外，研究者还发现相同染色体中CentO重复序列的相似性高于跨染色体的相似性；亚洲水稻的同一亚种（或自然群体）中，同一染色体着丝粒核心区域中的CentO卫星重复序列的长度在不同品种之间有显著差异。

Gap free的ZS97和MH63参考基因组

文章题目：The bowfin genome illuminates the developmental evolution of ray-finned fishes

发表时间：2021年8月

测序策略：Illumina+Chicago+Hi-C

研究结果：通过多种测序策略，研究者构建的弓鳍鱼基因组大小为831Mb，Scaffold N50=41.2Mb，并将99%以上的序列锚定在23条染色体上。通过注释，共获得21948个蛋白编码基因，重复序列占比22.1%，这与斑点雀鳝基因组特征非常相似（但两者的TE分布和扩增存在显著差异）。研究者从微染色体鉴定、基于基因组重排距离构树等多种方式证明弓鳍鱼与斑点雀鳝亲缘关系更近，共同属于Holostei类群。基于高质量的弓鳍鱼参考基因组，研究者对全骨总目的免疫系统及新鳍亚纲鳞片的变化进行了研究。弓鳍鱼矿化鳞片的减少主要是由于基因调控的变化和特定SCPP基因的丢失。脊椎动物“肺”器官在基因调控水平上具有深层同源性。弓鳍鱼hoxd 14可能不再编码功能蛋白，但它可能在调控hox表达和鳍的模式和/或其他有待识别的过程中发挥某些作用。此外，研究者在对弓鳍鱼的胸鳍发育过程进行转录组分析时发现，关键肢体发育信号配体基因fgf8在所有阶段都缺乏表达，但对其具有正向调控作用的sp8基因在所有阶段中都有表达，这说明了在弓鳍鱼中fgf8基因的调控发生了变化，这是一个独特的现象。

弓鳍鱼Hox基因的变化