PCHi-C揭示冠状动脉疾病风险相关的肝脏特异性非编码调控SNP的功能
冠状动脉疾病 (CAD)及其并发症心肌梗死（MI）的主要病因是动脉粥样硬化，目前GWAS已经确定了200个冠心病/心肌梗死（CAD/MI）的风险位点，但是这些位点位于非编码区域内，因此关于CAD基因座的功能理解受限。为了将CAD/MI的GWAS研究发现转化为治疗靶点，该研究重点研究了GWAS CAD/MI风险位点，尤其是通过肝细胞特异性增强子发挥作用的部分。
在该篇研究中，研究者通过肝脏相关cis-eQTL分析，以及HepG2细胞的低分辨率启动子捕获Hi-C和ChIP-seq，识别CAD/MI GWAS SNP的潜在靶基因，并分析包含非编码SNP的肝脏特异性增强子所在CAD GWAS基因座的功能。研究总共确定了734个靶基因，其中121个表现出与肝脏相关的性状。
CAD/MI GWAS SNP的潜在靶基因
PCHi-C助力解析人类细胞多能性状态转变过程中染色质三维结构及增强子活性变化的重要作用
来自剑桥大学的研究人员采用Hi-C、Promoter Capture Hi-C、ChIP-seq、RNA-seq等多组学技术分析，发现原始态和始发态人类多能干细胞（PSCs）之间在多个空间尺度存在显著的组织特征差异，始发态细胞中的小hub因新形成的Polycomb相关互作而发生合并，形成更大的网络。在增强子活性和相互作用方面也存在广泛的特异性差异，增强子状态的变化与转录因子OCT4、SOX2和NANOG结合位点的广泛重组及其靶基因启动子的转录有关。这些发现为人类多能态在染色质的基因调控方面提供了多重见解。
Canvas方法的启动子互作网络图
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