三代测序助力解析SV对作物功能基因多样性的分子机制
题目：Long-read sequencing reveals widespread intragenic structural variants in a recent allopolyploid crop plant
发表期刊：PBJ 发表时间：2020年8月
测序策略：PacBio、ONT（30-50×）
研究物种：四倍体油菜
研究结果：
研究者首先利用两种长读段测序技术(ONT和PacBio)对12种甘蓝型油菜进行了序列测定，并捕获其中的中小型SV。产生了27,106到44,516个高质量的SV。检测到的SV大小的中值范围为296 bp至584 bp，其中N99和PAK85912具有最大的中型SV大小(509和584)，这表明长读段测序技术在检测大型和复杂SV事件中具有关键作用。
表1 PB与ONT检测SV
随后比较了亚基因组SV频率，显示出在所有十二种被分析的基因型中甘蓝型油菜A基因组中每兆碱基的中小型SV数量显着高于C亚基因组。这表明了甘蓝型油菜中小型SV存在亚基因组偏好性，在甘蓝型油菜中同样观察到大型SV存在亚基因组偏好性。这可能是由于甘蓝型油菜(B. napus)在历史的繁殖过程中由于野白菜(B. rapa)A基因组的重复渗入而导致的。
研究者之后分析了SV对于甘蓝型油菜开花基因的影响，分析春化基因中的SV事件，可以发现四个春季种中启动子区域有1.3 kbp的缺失。正是这部分启动子缺失造成了冬季，春季和半冬季甘蓝型油菜BnFT.A02的差异性表达。最后研究者又分析了与油菜抗病性基因相关的SV事件，作者研究了SV对与QTL共定位的抗病相关基因的影响。Express 617和R53这两种材料对于V longisporum的抗性差异非常大，基于它们在对应的抗性基因中的共定位，选择两个亲本品系之间检测到的SV进行验证抗性QTL。证明了正是由于R53具有700bp的缺失从而导致了其对于V longisporum抗性的差异。
与油菜抗病基因相关的SV
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