转座子诱导的 RsMYB1 启动子甲基化干扰红肉萝卜花青素积累
题目：Transposon-induced methylation of the RsMYB1 promoter disturbs the anthocyanin accumulation in red-fleshed radish (Raphanus sativus L.)
期刊：Journal of Experimental Botany
材料选择：MTH01（红肉）和JC01（白肉）F2群体646个子代
测序策略：子代的平均2×
主要实验方法：BSA 性状定位（QTL-seq），转录组测序，qRT–PCR，全基因组甲基化，病毒诱导基因沉默，过表达。
主要内容：
结合性状定位、基因组重测序和转录组分析，鉴定了一个红肉萝卜花青素积累的候选基因 RsMYB1。而红肉系(MTH01)和白肉系(JC01)的RsMYB1基因编码区和调控区均未发现序列变异，且在 RsMYB1 启动子区均出现了7372 bp的 CACTA 转座子。随后的分析表明，白色肉质突变体是 RsMYB1 启动子 DNA 甲基化改变的结果。这种可遗传的表观遗传变化是由于高甲基化的 CACTA 转座子，它诱导 DNA 甲基化扩散到 RsMYB1 的启动子区域。结果表明，RsMYB1 在白肉突变体中的表达显著下调，抑制了花青素的生物合成。转基因萝卜愈伤组织的检测和病毒诱导的基因沉默实验结果证实，RsMYB1 与花青素积累有关。此外，用去甲基化剂处理部分消除了突变表型。该研究解释了调控红肉萝卜白肉突变体出现的分子机制。
基于 QTL-seq 和 RNAseq 分析鉴定 RsMYB1 作为红肉萝卜花青素积累的候选基因
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