NG：生菜的起源进化
题目：Whole-genome resequencing of 445 Lactuca accessions reveals the domestication history of cultivated lettuce
发表期刊：Nature Genetics
发表时间：2021年4月
材料：445份生菜
测序策略：BGI测序，平均测序深度20×
研究内容：
生菜的起源及栽培驯化过程，因缺乏系统的研究证据至今尚未明晰。该研究团队通过系统进化分析发现，所有生菜样品在进化树上聚为一支，揭示了栽培生菜从野莴苣（L. serriola）中的单一起源。对主成分分析和群体结构解析，野莴苣分为六个具有不同群体特征的地理居群，且栽培生菜与高加索地区、两河流域的野莴苣居群具有最近的遗传距离，由此推断，栽培生菜可能起源于高加索地区、两河流域。
通过有效群体大小分析发现，栽培生菜和野莴苣在距今1万年均经历了种群收缩，可能由环境剧烈变化所致。而从公元前4000年左右，栽培生菜有效群体大小出现了更为剧烈的下降，标志着生菜正在经历人工驯化。在被人类驯化之后，生菜先传播到古埃及并逐渐驯化为如今的油用生菜，又在古罗马时代传到南欧地区，与当地的野莴苣杂交之后，开始作为叶用生菜种植食用。
生菜的起源驯化
栽培生菜有很多所谓的“驯化综合症（domestication syndrome）”，如叶片全缘、缺少叶刺、无法散种等。本研究通过全基因组关联分析，对重要的驯化和农艺性状相关基因进行了精细定位。以上三个驯化性状的相关基因位点，分别定位于生菜基因组的第3、5和6号染色体上。最后研究者对生菜的经济性状、抗病性状进行了GWAS分析，获得了一大批有价值的候选基因，并和之前的选择性消除及前人研究的QTL结果相重叠，证实了这些位点的有效性。
总之，该研究对囊括了所有生菜栽培类型及主要野生近缘种的全球445份生菜种质资源展开全基因组重测序工作，全面揭示了栽培生菜的完整驯化进程，并对种质资源结构、重要农艺性状和抗病基因来源进行了探索研究，为生菜育种提供了丰富的数字化资源。
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