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物种：玉米和高粱

样品选择：玉米（B73）和高粱（BTx623），11个不同组织样品（根、茎、叶、叶耳、穗、花粉、胚芽、胚乳、果皮、须和苞片）

测序策略：Illumina+PacBio

研究结果：

1、转录组数据分析

    通过Iso-seq分别获取玉米和高粱11个组织的高质量转录组测序数据，获得6,893,280 reads。玉米测序数据比对到参考基因组，其中1,570,093(96.7%)能匹配到参考基因组；高粱比对到参考基因组，其中979,305(89.5%)能匹配到参考基因组。

2、Isoform的检测

    与注释参考基因组相比，玉米和高粱Iso-seq获得大量新转录本，将这些转录本进行分类统计。

转录本的统计和分类

3、组织特异性的isoform和AS

    进一步研究不同发育时期和不同组织的转录本特异性和共有性，并进行统计；在玉米和高粱中，分别有18,741 (45%) 和 13,327 (38.5%)个基因存在可变剪接事件。

可变剪接事件的统计

4、AS事件研究

    通过全长转录组测序，识别了大量可能有可变开放阅读框和早期终止密码子的isoform；候选NMD为：玉米中136,745个isoforms有55,080(40.3%)个，高粱中95,380个isoforms有34,322(36%)个。玉米和高粱中，Non-NMD isoforms比NMD isoforms高表达。同时还通过研究高粱和玉米的保守区域，探究了二者之间的保守关系。

NMD和 non-NMD表达量分析

5、玉米和高粱中的多聚腺苷酸化（APA）

    APA是常见的调节机制，可变的Poly-A信号，在玉米和高粱中十分常见。通过对每个组织中表达的全长转录本的近上游元件区域（NUE）进行研究，分析二者APA的发生情况。

玉米和高粱中APA特性

6、lncRNA的鉴定和比较分析

    通过对编码潜能的的预测筛选，在高粱中获得了1706个新lncRNA，玉米中发现了39个新lncRNA。总体而言，玉米和高粱在染色体上的分布相似，与基因分布一致。

玉米和高粱基因组之间比较特征的可视化

7、玉米和高粱转录组进化研究

    为了研究进化中基因表达模式的变化。通过使用系统发育等级，将每个基因赋予一个系统等级值（PS）；在对比分类中将PS1~PS3定义为进化年龄高，PS11~PS1定义为进化年龄低，即更为“年轻”的基因。总体而言，玉米对比与高粱而言，其存在更多的“年轻”基因。

玉米和高粱基因年龄比较