1、参考序列比对
分别将reads比对到互作物种的参考基因组，比较正常样品和互作样品比对率，可以通过比对率初步查看不同时间侵染程度。
2、分泌蛋白预测
利用分泌蛋白的信号肽和无跨膜蛋白特征，对分泌蛋白进行预测。
3、数据库注释
结合互作数据库，对蛋白互作关系进行注释。
4、植物R-gene预测
若分析物种为植物，我们将预测的蛋白序列与相应的数据库进行比对预测R-gene。
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