扩增子个性化分析内容
1、物种丰度变化冲积图
2、南丁格尔玫瑰图
3、Bray-Cutis距离拟合曲线图
4、One-way Anova单因素方差分析
5、随机森林分析
6、环境因子相关热图corrplot
7、多元回归树分析
8、优势物种互作网络图
9、中心物种互作网络图
10、模块网络图
部分分析介绍及结果展示
（物种组成分析&关联网络图）
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物种组成分析
01 物种丰度变化冲积图
物种丰度分析是物种分析中最基本最常见的分析方法。物种丰度变化冲积图（alluvial plot）显示如何跨过类别维度分配事实群体，用来展示分类数据和从属关系，可以直观展示各分类数据在各个时期的变化，冲积图美观且直观。
分析软件：ggalluvial包（输入文件Group.otu_table.{p,c,o,f,g,s}.relative.xls，为了最终展示效果，仅选取top20物种展示，其余物种累计到“Low Abundance”）
注：横坐标是时间尺度分组，纵坐标为物种相对丰度，不同颜色表示不同物种
02 南丁格尔玫瑰图
物种丰度变化冲积图、物种组成堆叠柱状图和物种组成南丁格尔玫瑰图是同类图形的不同展示形式，放射状柱图对每个样品的物种丰度分别做了排序，由内到外展示的是丰度从高到低的物种，然后依据最内圈丰度最高的物种对样品进行排序，顺时针方向依次为丰度从高到低的顺序，最外圈圆环颜色取决于每个样品丰度最高的物种。
分析软件：R语言包ggplot2和cowplot可视化
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关联网络图
01 优势物种互作网络图
一部分研究可能只关注网络中的优势物种，因此可以依据节点的丰度，提取平均丰度前50(默认值)的节点构建优势物种子网络，并依据不同的研究目的，对节点使用不同的填充或着色方式。下图是按不同处理方式分开绘图，即将同一处理下的不同时间梯度的样品一起绘制优势物种互作网络图。
分析软件：R包Hmisc计算spearman相关系数，gephi可视化，igraph包计算网络图拓扑参数值
注：节点代表物种，红色连线的节点是正相关，绿色连线的节点负相关，节点的大小和节点度成正比，节点颜色表示所属门水平分类
02 中心物种互作网络图
中心物种互作网络图展示的是其余物种与中心物种（一般指基于一些先验知识或者先前研究判定为重要物种）的共现和互斥模式，该网络图过滤掉了一些其余物种之间复杂的互作关系，对网络图进行简化，将焦点聚焦在与中心物种强相关的物种间的互作。
分析软件：R语言，Hmisc包，Cytoscape可视化
注：中心菌是灰色，与中心菌正相关的菌用蓝色，与中心菌负相关的菌用绿色表示，如果一个菌与1个以上的中心菌相关，这个菌的颜色由相关系数最大的那对关系决定是绿色还是蓝色
03 模块网络图
微生物的模块网络图具有功能意义，2019年Wagg等发表在Nature Communications上的文章"Fungal-bacterial diversity and microbiome complexity predict ecosystem functioning"研究微生物群落和生态系统多功能性的典范[1]，通过构建微生物网络的功能模块，表明了微生物互作网络复杂性的提高能够促进生态系统功能。模块网络图可用于生态系统功能的关联挖掘模块中微生物丰度和土壤功能的相关性。2019年发表在Microbiome的一篇文章“Suppressed N fixation and diazotrophsafter four decades of fertilization[2]”，从微生物功能模块分析不同模块中的物种丰度和土壤固氮的功能相关性，可作为微生物功能模块和生态系统功能研究的典型案例。作者发现长期施肥导致了微生物网络3号模块的相对丰度明显降低，1号和2号模块的相对丰度有所增加。
分析软件：edgeR包、indicspecies包、Hmisc包、igraph包
注：节点间相关性以灰色连线表示，普通OTU（Operational Taxonomic Units）节点是圆，keystone OTU节点是星形，敏感OTUs标记为彩色，不同颜色表示与不同处理方式相关，灰色节点表示非敏感节点，阴影区域表示包含敏感OTUs最多的3个模块
注： 该图展示Top3模块各OTUs数量在物种中的分布总统计表
注：x轴是各处理组；y值是Top3模块中全部OTUs在各处理组中的累计CPM值（CPM累计和/1000，即缩小了1000倍）
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参考文献：
[1] Wagg C, Schlaeppi K, Banerjee S, et al. Fungal-bacterial diversity and microbiome complexity predict ecosystem functioning[J]. Nature communications, 2019, 10(1): 1-10.
[2] Fan K, Delgado-Baquerizo M, Guo X, et al. Suppressed N fixation and diazotrophs after four decades of fertilization[J]. Microbiome, 2019, 7(1): 1-10.
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