澳门·永利集团(3044-VIP认证)网站-Best Platform

图1 可变剪接示意图

已有研究表明，可变剪接在生物过程中扮演重要角色。是在RNA水平调控基因表达的机制之一，使生物表型具有多样性和复杂性。

PacBio三代技术凭借其长读长和高准确度的优势，是研究AS的有利工具。基于此技术的三代全长转录组(Iso-seq)也已经在相关研究中被大量应用并利用其无须组装拼接、高准确度的特性，解析了许多生物学问题。今天小编也精选几篇相关研究，希望能为各位老师扩宽思路。

全长转录组测序揭示了不同胃癌类型可变剪接的多样性

发表期刊：Genome Biology

发表时间：2021年1月

研究技术：Iso-seq+RNA-seq

研究内容：

癌症的标志之一就是基因表达失调，但是现今大多数研究都只使用了RNA-seq来进行研究，但因为其读长的局限性解析并不全面。研究基于PacBio的长读长测序（Iso-seq）和基于illumina的RNA-seq全面调查了全球主要致死癌症之一的胃癌（GC）的转录情况。

研究对10种GC细胞进行了全长转录组分析，涵盖了4种主要的GC亚型。识别出了60,239个非冗余的全长转录本，其中超过66%的转录本是新发现。新发现转录本可能是每个GC亚型特有，表达水平较低，外显子较多且长度较长。在多种类型的AS情况中，大多数新转录本出现首位外显子跳跃，且表达水平越高，可变性越强。同时，研究检测到的25%的基因都存在启动子的变化，大多数启动子的变化也会对编码产生潜在影响，通过与TCGA中GC样本的对应，研究确定了几种与癌症相关的异构体。肿瘤特异性转录本往往会更大程度上改变蛋白质编码序列，研究利用了Iso-seq技术，为后续深入研究GC和其他肠道肿瘤提供了丰富的全长转录组资源。

图2 可变剪接改变的类型

发表期刊：Science Advances

发表时间：2022年1月

研究技术：Iso-seq

研究内容：

肿瘤往往伴随着广泛的转录组变化，但癌症中不同亚型的可变剪切内容尚不清楚。研究基于PacBio的长度长测序，对得到的结果进行后续分析，进而识别和注释全长转录本并推断肿瘤的特异性剪接事件。研究识别出了数千种新转录本，30%出现了外显子改变，对蛋白质定位和功能存在潜在影响。使用omics数据集进行了进一步验证，确定了3059个乳腺肿瘤特异性剪接事件，包括35个与患者生存存在显著相关的AS。总的来说，研究证明了乳腺癌中存在此前未鉴定出的转录本和AS的复杂性、癌症亚型的特异性和临床相关性。

图3 Iso-seq可识别乳腺癌中新的转录本

发表期刊：Cell Reports

发表时间：2021年11月

研究技术：Iso-seq

研究内容：

可变剪接是重要的转录后调控机制，可以从单个mRNA前体中产生多个不同的mRNA，在中枢神经系统发育和功能中发挥着重要作用。研究使用Iso-seq检测人和小鼠大脑皮层中生成全长转录本序列。确定了大量现有基因组注释中不存在的新转录本，包括映射到新基因的转录本和包含多个基因组的融合转录本。

尽管某些基因的特点是物种之间存在显著差异，但了和小鼠皮层之间的转录多样性整体模式显示。研究还进一步确定了AS的发育变化，人类胎儿和成人皮质之间的转录本也存在不同。研究证实了皮质中选择性剪接的重要性，显著增加了转录多样性，并代表了大脑中基因调控的重要机制。

图 3 现有注释中大量未描述的转录本