六月的风，吹来了夏天的气息，在这阳光明媚的春夏之交；永利集团3044转录调控项目文章近期6连发，连续见刊《Int J mol Sci》、《Plant J》、《Applied Microbiology and Biotechnology》等一线刊物，涵盖植物、动物、昆虫、真菌等方向，涉及二代、三代测序技术。
今天小编将精选其中几篇进行简读~
01
3+2转录组助力维生素对调节玉米病毒感染作用研究
发表期刊：Int J mol Sci
研究物种：玉米
研究概述：
玉米致死性坏死病 (MLN) 是最重要的玉米病毒病之一， MCMV与SCMV等病毒结合感染引起。然而，玉米对MLN的抗性机制研究较少。
研究通过使用Iso-seq和RNA-seq的结合，获得了玉米在SCMV和MCMV单一和协同感染(S + M)后的转录表达情况。共鉴定出15、508、7567和2378个差异表达转录本，它们主要参与光合作用、清除活性氧(ROS)和一些与抗病相关的途径。病毒诱导的基因沉默分析结果表明，维生素C生物合成相关基因ZmGalDH或ZmAPX1的沉默促进病毒感染，而参与维生素E或K生物合成的基因ZmTAT或ZmNQO1的沉默可能通过调节病程相关(PR)基因的表达来抑制MCMV和S+M的感染。此外，对10个玉米自交系的病毒侵染与上述4个基因表达的关系进行了研究。进一步证明外源应用维生素C可以有效抑制病毒感染，而维生素E和K则促进MCMV感染。这些发现为了解玉米对MLN的反应的基因调控网络以及维生素C、E和K在调节玉米病毒感染中的作用提供了新的见解。
图1.维生素C、E和K在调节玉米病毒感染的潜在作用
02
钙对镉致草鱼幼鱼毒性的保护作用
发表期刊：Ecotoxicology and Environmental Safety
研究物种：草鱼
研究概述：
镉(Cd)是水环境中的主要金属污染物之一，影响水生生物的离子稳态、氧化应激(OS)和免疫反应。鉴于Cd~(2+)和Ca~(2+)离子之间的物理化学相似性，它们的拮抗作用可能有助于减轻Cd的毒性。为了更好地了解钙对硬骨鱼抗Cd毒性的作用，将草鱼幼鱼暴露于Cd(测量浓度3μg/L)和不同浓度的Ca(测量浓度分别为1.5 mg/L、2.5 mg/L、3.0 mg/L和3.5 mg/L，分别为对照组、低钙组、中钙组和高钙组)中30d。电感耦合等离子体质谱(ICPMS)数据分析表明，同时接触钙会损害所有受试组织中Cd的积累。此外，钙的添加维持了血浆离子(Na+、K+、Cl)的动态平衡，减轻了Cd诱导的氧化胁迫(OS)，调节了ATPase的活性和转录水平。同时，转录热图分析表明，一些与OS和钙信号通路有关的指示基因被发现受到钙添加的显著调控。本工作揭示了钙对草鱼镉毒害的保护作用，为解决水产养殖业镉污染问题提供了新的思路。
图2.不同梯度下鳃的转录变化
03
三代测序揭示蜜蜂转录图景
发表期刊：Int J mol Sci
研究物种：蜜蜂
研究概述：
蜜蜂作为重要的传粉者，在维持生态平衡和为人类提供产品方面发挥着至关重要的作用。尽管西方蜜蜂基因组的几个版本已经公布，但其转录组信息仍需完善。研究利用PacBio单分子测序技术对西方蜜蜂、工蜂和雄蜂的多个发育时间点和组织的混合样本的全长转录组进行了测序。总共获得了116,535个转录本，对应于30,045个基因。其中，92,477个转录本可以被成功注释。与参考基因组上的注释基因和转录本相比，新鉴定出18,915个基因座位和96,176个转录本。从这些转录本中，检测到136,554个选择性剪接(AS)事件，23,376个选择性多聚腺苷(APA)位点和21,813个LncRNA。此外，基于全长转录本，研究发现了许多在蜂王、工蜂和雄蜂之间差异表达的转录本(DET)。研究结果为西方蜜蜂提供了一套完整的参考转录本，极大地扩展了蜜蜂转录组的复杂性和多样性的理解。
图3.蜂王、工蜂和雄峰的特有转录
总 结
基于转录组的研究依然可以有很多深度挖掘的方向，其对物种普适性以及数据的高产出，都表明其可以是各个研究领域中的“利器”。
基于三代测序技术去深度挖掘基因结构，丰富转录本集，利用二代技术获得差异信息，综合得到研究目的的关键基因/基因集，从而进行深度挖掘的思路可以广泛适配科研项目。
参考文献：
[1] Pan, Qihua et al. “Medaka (Oryzias latipes) Olpax6.2 acquires maternal inheritance and germ cells expression, but functionally degenerate in the eye.” Gene vol. 872 (2023): 147439. doi:10.1016/j.gene.2023.147439
[2] Hao, Kaiqiang et al. “Transcriptomic and Functional Analyses Reveal the Different Roles of Vitamins C, E, and K in Regulating Viral Infections in Maize.” International journal of molecular sciences vol. 24,9 8012. 28 Apr. 2023, doi:10.3390/ijms24098012
[3] Zhang, Ting et al. “Kinase POGSK-3β modulates fungal plant polysaccharide-degrading enzyme production and development.” Applied microbiology and biotechnology vol. 107,11 (2023): 3605-3620. doi:10.1007/s00253-023-12548-7
[4] Xu, Yang et al. “Protective effects of calcium against cadmium-induced toxicity in juvenile grass carp (Ctenopharyngodon idellus).” Ecotoxicology and environmental safety vol. 258 (2023): 114972. doi:10.1016/j.ecoenv.2023.114972
[5] Zheng, Shuang-Yan et al. “A Global Survey of the Full-Length Transcriptome of Apis mellifera by Single-Molecule Long-Read Sequencing.” International journal of molecular sciences vol. 24,6 5827. 18 Mar. 2023, doi:10.3390/ijms24065827
[6] Zhang, Shuting et al. “Single-cell RNA sequencing analysis of the embryogenic callus clarifies the spatiotemporal developmental trajectories of the early somatic embryo in Dimocarpus longan.” The Plant journal : for cell and molecular biology, 10.1111/tpj.16319. 26 May. 2023, doi:10.1111/tpj.16319
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