图1 项目文章发表情况
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二代扩增子测序助力研究阿尔茨海默症发病机制
发表期刊：《Gut Microbes》
测序策略：二代16s
研究概述：
阿尔兹海默症（Alzheimer’s disease（AD））是最常见的神经退行性疾病，占全球痴呆症的60- 70%，随着婴儿潮一代达到退休年龄，它的流行程度以及相关的社会和经济问题正呈指数级增长。在AD的大脑中，Aβ的确切来源目前尚不清楚。在本研究中，作者检验了肠道Aβ构成大脑中Aβ斑块的重要来源的假设，在AD中衰老和GM改变的背景下，进一步研究了肠道Aβ产生的调控。此研究基于二代扩增子测序技术表明，肠道可能是大脑中Aβ的一个关键来源，而在WT和APP/PS1小鼠中，肠道Aβ随着年龄的增长而增加。此外，GM的改变进一步上调了肠道Aβ的产生，可能参与了AD的发病机制。肠道Aβ、衰老和肠道菌群之间的协调关系表明了一种潜在的新的治疗方法，通过调节肠道菌群，特别是通过个性化饮食或益生菌干预来调节肠道Aβ代谢。
图2 肠源Aβ42经血液运输到大脑
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二代扩增子测序助力研究中华绒螯蟹共生菌群
发表期刊：《microorganisms》
测序策略：二代16s
研究概述：
中华绒螯蟹（Eriocheir sinensis）被认为是欧洲和北美的一种入侵物种。在中国，它是一种有经济价值的物种，也是许多沿海城市和其他地区的重要养殖产业。因其美味可口和营养价值高，而深受中国消费者的喜爱。正如在动物营养的许多领域一样，微生物群在宿主的生长、健康和生存中的作用已经成为人们感兴趣的课题。因此，对健康组织中共生微生物群的研究有助于进一步了解微生物群在螃蟹生长和健康中作用，促进对菌群潜在功能的开发利用，并且可以为疾病预防提供基础依据。研究首次对中华绒螯蟹血淋巴、肝胰腺和肠道微生物群的分类和功能差异进行了全面的描述。共生菌群的结构、组成和预测功能在这些位点上有显著差异。有趣的是，与肠道和肝胰腺相比，血淋巴中菌群组成不同个体间的差异更小。健康状态下一些特异性细菌可能为监测螃蟹的健康状况提供潜在的指示。这三个部位的微生物相互作用网络差异很大，其中肝胰腺最为复杂，其次是血淋巴，肠道最简单。此外，与萜类和多酮、外来生物降解和代谢、能量代谢等代谢相关的功能途径在血淋巴中显著富集；而与环境信息处理、聚糖生物合成和代谢、人类疾病和细菌性传染病相关的功能在肠道中显著富集；肝胰腺腺中显著富集的功能为卟啉和叶绿素代谢。
图3 不同地点细菌的花瓣图及网络图
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三代微生物基因组测序助力研究Bacillus siamensis YB-1631的基因组，进而研究其在小麦冠腐病防治中的应用
发表期刊：《Journal of Fungi》
测序策略：细菌完成图
研究概述：
研究发现，从冬小麦幼苗的根际土壤中分离出一株名为YB-1631的细菌，其对于Fusarium pseudograminearum的抑制效果最好。该菌株的培养基液体能够抑制F. pseudograminearum的菌丝生长和孢子萌发，并且通过面对面板法显示，所产生的挥发物质可以抑制F. pseudograminearum的生长。在温室实验中，YB-1631能够显著减少小麦幼苗的FCR发生率，同时促进幼苗的根和茎的生长。根据内转录间隔区序列和全基因组平均核苷酸同源性，确定了YB-1631为暹罗芽孢杆菌（Bacillus siamensis）。该菌株具有良好的根部定殖、植物生长促进和生物防治的特性，包括趋化性和生物膜形成的相关基因、植物激素和营养元素吸收的基因以及铁载体、细胞外水解酶、挥发性物质、多肽类抗生素和诱导系统防御的基因等。该研究结果表明，暹罗芽孢杆菌YB-1631在小麦生长促进和F. pseudograminearum防治方面具有潜在的应用价值。
图4 YB-1631的鉴定
总 结
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