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    家禽是指人工豢养的鸟类动物，主要为了获取其肉、卵和羽毛，也有作为其他用处。一般为雉科和鸭科动物，如鸡、鸭、鹅等，也有其他科的鸟类如火鸡、鸽、鹌鹑和各种鸣禽。家禽中鸡可作为脊椎动物研究模型，鸭可作为研究鸟类免疫保护机制的理想模型，具有非常高的科研价值和经济价值。目前家禽的全长转录组研究报道较少，已发表的文章主要与鸡和鸭相关，鹅还未有全长转录组相关研究报道，所以应用PacBio SMRT技术对家禽开展全长转录组研究是您的不二之选。

    下面，就随同小编来看看家禽全长转录组已经做了哪些研究吧。

01  鸡早期胚胎转录图谱

    文章题目：Dynamic transcriptional landscape of the early chick embryo

    发表期刊：Frontiers in Cell and Developmental Biology

    发表时间：2019年9月

    研究结果：脊椎动物胚胎在发育过程中经历了广泛的形态变化，然而复杂的基因表达时空控制无疑是这些形态变化的关键。因此，确定转录组在一段时间内的动态表达是理解胚胎发育调控过程的重要一步。鸡胚胎由于其发育快速并且具有高质量的基因组使得鸡胚胎成为脊椎动物转录组动态研究模型。在高分辨率下确定鸡早期胚胎的动态转录组将有助于人们理解脊椎动物胚胎的发育过程。本研究利用Iso-Seq和RNA-Seq技术对鸡胚胎早期发育进行测序分析，构建了胚胎早期发育的高分辨率表达谱。分析确定了转录亚型、可变剪切（AS）事件、融合转录本、可变多聚腺苷酸化(APA)位点和新基因。结果表明，AS事件中内含子保留(IR)类型最为丰富，且显著增加的IR事件与不同的基因集有关。将不同功能的基因簇与特定的形态变化相关联构建联合表达数据集，首次为早期鸡胚胎发生的分子基础提供了框架，为加深对鸡胚发育生物学的研究提供资源。

图1 通过Iso-Seq技术对鸡胚中IR事件进行鉴定

02 Iso-Seq测序揭示鸡具有与人类相似的转录组复杂性

    文章题目：Normalized long read RNA sequencing in chicken reveals transcriptome complexity similar to human

    发表期刊：BMC Genomics

    发表时间：2017年4月

    研究结果：在脊椎动物中，鸡作为模式生物具有非常重要的参考价值，但与人类相比，人们对于鸡的转录组研究了解有限。之前基于短读长的RNA-seq鸡转录组注释（Ensembl 83版）得到的基因和转录本非常少，仅得到17,108个基因和17,954个转录本。这远远低于在其他脊椎动物中发现的数量，人类转录组注释(Ensembl83版)包含60,675个基因。由于目前Ensembl对鸡基因组的公开注释依赖于不完整的cDNA序列(ESTs)和短读长RNA-seq数据，因此鸡转录组的复杂性目前没有得到充分体现。本研究利用PacBio Iso-Seq技术对鸡进行转录组测序，鉴定得到60,000个转录本和29,000个基因。其中有超过20,000个新的lncRNA（长链非编码RNA）转录本，约有3,000个的转录本被鉴定为sense exonic overlap lncRNA，这类lncRNA在许多脊椎动物注释中没有得到充分体现。三代转录组测序结果表明，鸡的转录复杂性水平更符合基于人类基因组特征的预期，鸡的转录组复杂性与人类相似，并可以为其他脊椎动物提供参考。此项研究也证明了Iso-Seq技术在转录组测序中发挥重要作用。

图2 Iso-Seq鉴定鸡转录组中可变剪切事件

03 鸭多种组织的全长转录组测序

    文章题目：Full-length transcriptome sequencing from multiple tissues of duck, Anas platyrhynchos

    发表期刊：Scientific Data

    发表时间：2019年11月

    研究结果：鸭是一种具有重要经济价值的水禽，同时也可作为研究鸟类免疫保护机制的理想模型。鸭的参考基因组完整性不高，目前还没有全长转录组数据集，严重阻碍了AS）的鉴定，延缓了对鸭的许多基础研究。本研究中利用PacBio Iso-Seq技术对鸭的多个组织进行测序，获得了199,993个全长转录本，并对这些转录本进行了全面的注释。预测了23,755个lncRNA和3346个基因，并且准确预测了35,031个可变剪接事件。本研究数据大大增加了lncRNA和AS的数量，对改善现有鸭的基因组注释起重要作用。同时，这些数据对其他鸟类的功能研究也起着至关重要的作用。

图3 鸭转录组中可变剪切事件分析

    沙基因自2015年率先引进PacBio三代测序平台，是国内首家拥有PacBio Sequel三代测序仪的高新技术企业。全长转录组测序可利用Pacbio三代测序平台进行测序，借助其超长读长优势，无需组装，直接获得全长转录本，可准确鉴定基因的可变剪接、APA、融合基因、基因家族和非编码RNA等信息。永利集团3044已与广大科研学者合作完成各种三代测序分析科研项目累积数百项，全长转录组合作文章先后发表在《BMC Genomics》、《DNA Research》、《The Plant Journal》、《BMC Plant Biology》、《Plant Physiology and Biochemistry》和《Nature Chemical Biology》等国际知名期刊，已发表的物种覆盖哺乳动物、藤本植物、菊科、十字花科和棉花等经济作物领域。菲沙拥有成熟的实验技术、强大的生信分析团队和丰富的项目经验，期待与您的合作，助您的科研快速起飞！