免疫组库(immune repertoire,IR)是指在任何指定时间内,某个个体的循环系统中所有功能多样性B细胞和T细胞的总和,其具体特征反映了机体免疫系统应对外界刺激的能力。永利集团3044创新性地将三代测序技术应用于免疫组库测序,通过自主开发的全长BCR扩增和测序方法以及自动化数据分析流程,实现了高准确性的全长BCR免疫组库测序和数据高效分析。
由于BCR的重链由V、D、J、C四个基因片段组成,BCR的轻链由V、J、C三个基因片段组成,这些基因片段在B细胞发育成熟过程中发生重排和体细胞变异,使得受体丰富多样。但是,常规二代测序只能测得CDR3的序列,即使10× Genomics单细胞免疫组库也是通过拼接获得整个可变区,这些技术都无法获得包括恒定区在内的完整的全长BCR序列。三代技术基于它的长读长的优势,在转录组和基因组测序上大放异彩。那么,三代技术和免疫组库结合可以碰撞出什么样的火花?
永利集团3044作为三代测序的领跑者,基于自身的三代测序优势开发了三代全长免疫组库测序,直接通过测序获得BCR 的整个可变区和恒定区的序列,能够更加准确得到B细胞受体的多样性。
接下来,小编来为你们揭开三代全长免疫组库的神秘面纱!
通过在BCR恒定区的保守区域设计多重引物,覆盖整个BCR的全长序列。在进行BCR序列扩增时,为进一步提高3’端扩增的有效性,设计了多组半巢式引物,通过半巢式引物的匹配筛选即可获得覆盖整个BCR全长的扩增片段。通过PacBio建库流程,在扩增子的两端添加带有barcode的测序接头,即可进行PacBio测序。具体的建库内容如下:
将测序得到原始数据进行一致性校正后,获得了质量值在Q20以上的BCR全长一致性序列,经过与BCR数据库进行比对,对BCR进行克隆型鉴定、表达丰度定量、多样性分析、抗体类型分析、样本间差异比较以及不同时间点BCR动态分析等。具体的分析流程如下:
那么,相比其他免疫组库测序技术,三代全长BCR有什么优势?
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参考文献:
(1)Tang J. et al. Trends in the global immuno-oncology landscape [J] .Nat Rev Drug Discov. 2018 Oct 26.
(2)Tang J. et al. Comprehensive analysis of the clinical immuno-oncology landscape [J] .Ann Oncol. 2018 Jan 1,29(1):84-91.
(3)Ye B. et al. High-throughput sequencing of the immune repertoire in oncology: Applications for clinical diagnosis, monitoring, and immunotherapies [J] . Cancer Lett. 2018 Mar 1,416:42-56.