澳门·永利集团(3044-VIP认证)网站-Best Platform

    通过PacBio和Hi-C测序，研究者构建的恩施碎米荠基因组大小为443.46Mb（Contig N50=1.23Mb）,并将86.6%的序列锚定到16条染色上，BUSCO评估基因组完整性为97.7%。通过注释，共预测得到52725个蛋白编码基因，平均长度为2.1Kb，重复序列占比为61.4%（其中48.5%是长末端重复反转座子）。

    研究者设置了对照组和硒处理组，随后对两种类型的恩施碎米荠进行了基因组、转录组、甲基化、ChIP-seq和Hi-C测序，并从Compartment、TAD、FIREs（局部染色质相互作用热点区域）三个层面分析了硒对恩施碎米荠三维空间结构的影响。

    在Compartment分析中，研究者使用C-score鉴定到明显的A compartment和B compartment，硒处理重塑了恩施碎米荠2、6、8、9、10号染色体上的A、B compartment;进一步以100Kb分辨率，在对照组和硒处理组的染色质上鉴定到755个compartment差异区域，这些差异compartment上的基因显著富集在与乙醛酸和二羧酸代谢、硒化合物代谢相关的通路中。

    在TAD分析中，研究者以40Kb分辨率在对照组鉴定到537和543个TADs边界，在硒处理组鉴定到521和527个TADs边界，与TAD内部区域相比，TAD边界具有更高的基因密度和更高的甲基化水平。此外，TAD边界上的基因显著富集在与细胞对硒、硒结合和类黄酮生物合成相关的通路中。在FIREs分析中，研究者以10Kb分辨率鉴定到1184个显著的FIREs，但这些区域与其它区域的基因密度分布和GC含量无显著差异。

    总的来说，这些结果表明硒耐受性和代谢在染色质水平上有相关性。

对照组和硒处理组的恩施碎米荠Hi-C互作分析

    在海龙科物种中由雄性携带孕婴囊怀胎繁殖下一代，这种“繁殖逆反行为”使得海龙科鱼类性别决定机制研究深受关注。

    在该研究中，研究者对雌、雄草海龙及其近缘种绿海龙进行了全基因组比较分析，发现雄草海龙的4号染色体上有一段特有的47kb左右区域，其可能影响XX/XY性别决定机制，联合雌雄草海龙的Hi-C互作分析证实了该猜测，并且在该富含重复序列的雄性特异性区域注释得到一个基因amhr2y。随后基于转录组数据分析，研究者发现amhr2y表达影响雄草海龙睾丸稳定发育。类似研究结果显示，amhr2y也是绿海龙的性别决定基因。进一步的系统发育分析表明，草海龙和绿海龙的amhr2y来源于两者共同的祖先，并且绿海龙的amhr2y涉及和B-cadherin-like基因位点的基因融合事件。

雄草海龙Y染色体上特有的区域

    体细胞核移植（SCNT）可以将终末分化的体细胞的细胞核重编程为全能性状态。由于哺乳动物胚胎细胞数量和实验手段的限制，此过程的染色体三维结构的高分辨率的动态变化之前一直鲜为人知。

    在“Analysis of genome architecture during SCNT reveals a role of cohesin in impeding minor ZGA”一文中，研究团队采用低起始量Hi-C，得到小鼠SCNT各个时期以及SCNT后胚胎的发育过程中的三维结构。研究发现，被移植的细胞核率先进入类有丝分裂状态，并且和正常受精的胚胎相比，SCNT胚胎在1细胞阶段具有较强的拓扑相关结构域（TAD），但2细胞阶段的TAD变得松散，之后慢慢整合。同时， A/B compartment在SCNT胚胎的1细胞阶段减弱，后期越来越强。 在8细胞阶段之前，SCNT胚胎细胞的染色质架构基本与正常受精胚胎结构基本一致。

激活前后体细胞核移植（SCNT）胚胎的Hi-C互作热图