Q1：为什么要进行三维基因组学研究？
虽然基因组的线性序列中储存了遗传信息，但是基因的正确表达、调控以及基因与调控元件的空间互作都是在折叠成的染色质复杂三维结构中完成的，受到大量调控元件的控制。基因组的空间结构对基因的表达具有重要作用，因此我们需要研究基因组的三维构象，分析三维结构对基因表达的调控机制。
Q2：Hi-C实验样本要求？
单次建库样本量：
细胞系：≥106个细胞；
血液：≥3mL（加入到EDTA抗凝管中，常温运输）；
动物组织：≥1g（肌肉、肝脏等）；
植物组织：≥2g（新鲜嫩叶）；
样品运输：新鲜样品液氮速冻，干冰冷冻运输。
Q3：Hi-C需要生物学重复吗？测多少数据量？周期如何？
从目前发表的文献来看，需要做2个生物学重复。每个样本的测序量根据分辨率计算，一般在基因组大小的100x~300x之间。项目周期一般在3~4个月（含标准分析及高级分析）。
Q4：三维基因组中一些相关名词代表什么意思？
（1）chromatinterritory：染色质领域，染色质在细胞核内的方位。
（2）compartment：染色质分隔区，高等动植物中分为A区(常染色质)和B区(异染色质)。
（3）TAD：拓扑相关结构域，一个TAD内部的基因之间互作较为频繁，很少与其它TAD内的基因发生互作，与其它TAD相对隔离。
（4）loop：染色质环，高分辨率下观察到的两个基因之间的互作，序列折叠成环状结构。
（5）cisintra-chromosome interaction ：顺式互作，同一条染色体内的基因互作。
（6）transinter-chromosome interaction：反式互作，不同染色体之间的互作。
Q5：低细胞量样本是如何送样呢？
将样品悬在10ul PBS 中（用低吸附的 PCR 管装），避免样品损失，液氮速冻干冰运输。
微信公众号
027-87224696
|
marketing@frasergen.com
|
