金秋九月，各位是否也开始忙碌起来，那些被耽误的实验计划，被影响的科研进展都需要再次启动。在金秋开学季，菲沙全长转录组也为各位带来了超量优惠：
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全长转录组现在已经成为研究的常见工具，凭借其长读长，无需组装，准确性高等优势，是研究中不可或缺的实用工具。
今天在菲沙活动推广季，小编也总结了近期发表的全长转录组文章，为大家提供全长转录组的研究思路。
#1
思路一
构建物种参考转录本/提升参考基因组注释
文章题目：PacBio Iso-Seq Improves the Rainbow Trout Genome Annotation and Identifies Alternative Splicing Associated With Economically Important Phenotypes
发表刊物：Front Genet
发表时间：2021年7月
研究物种：虹鳟鱼
研究结果：虹鳟鱼是一种重要的模式生物，但在过去的十年间主要使用了短读长的测序对其进行转录组方面的研究。然而，因为读长的长度限制，无法解决其转录组的复杂性。本研究首次报道了利用单分子长读异构体测序（Iso-seq）组装虹鳟鱼的全长转录组，以此改进现有的虹鳟鱼转录本。研究确定了10640个此前未发现的转录本，以及1479个没有映射到现有虹鳟鱼参考基因组的异构体。并且鉴定到了大量的新lncRNA和AS情况。Iso-seq改进了参考基因组的注释，可以识别与鱼类生长、肌肉增长、抗病、应激和迁徙相关特征。本研究构建的新转录本为未来的遗传学和基因组学研究提供基础。此外，研究还确定了与经济上重要的表型相关的特征转录事件，这为后续育种提供基础。
图1 全长转录本和参考转录本比较
#2
思路二
生长发育调控机制研究
文章题目：Characterization of full-length transcriptome in Saccharum officinarum and molecular insights into tiller development
发表刊物：BMC Plant Biol
发表时间：2021年5月
研究物种：甘蔗
研究结果：甘蔗的分蘖是甘蔗产量的重要组成部分，现有研究对甘蔗分蘖发育的机制并不清楚，且甘蔗基因组研究较为有限，阻碍分子生物学对其进一步研究。本研究在使用二代测序技术对甘蔗分蘖的不同发育阶段进行测序的同时，使用三代全长测序得到甘蔗的全长转录组，进一步分析甘蔗分蘖发育的关键基因和生物学途径。本研究采用Iso-Seq技术，结合RNA-seq发现了甘蔗不同分蘖阶段选择性拼接（AS）并预测到了许多新的异构体，发现了影响甘蔗分蘖发育的重要基因，对这些基因的进一步研究将为甘蔗生产力提升提供前景。
图2 简单重复序列和lncRNA的鉴定
#3
思路三
胁迫/抗逆调控机制研究
文章题目：Full-length transcriptome profiling reveals insight into the cold response of two kiwifruit genotypes (A. arguta) with contrasting freezing tolerances
发表刊物：BMC Plant Biol
发表时间：2021年8月
研究物种：猕猴桃
研究结果：猕猴桃（A.arguta）是重要的水果品种，由于其起源于温带，对于低温胁迫较为敏感。为了进一步了解植物耐寒性的机制，我们对两个不同耐寒特性的基因型KL和RB进行了杂交转录组分析。研究使用三代测序从头组装转录本，并进行了比较分析。GO和KEGG富集分析表明，主要差异在淀粉和蔗糖代谢、MAPK信号通路、磷脂酰肌醇信号系统等。特别是，对于淀粉和蔗糖代谢，我们确定了与纤维素降解、海藻糖合成和淀粉降解过程有关的3个关键基因。此外，由上述3个关键基因编码的beta-GC、TPS和BAM活性均在低温胁迫下增强。同时WGCNA表明，beta-GC、TPS和BAM是参与低温反应的关键基因，与CBF3、MYC2和MYB44基因高度共表达。
图3 测序结果概述和注释结果
总 结
全长转录组除了在上述的研究思路外还可以在疾病发生发展机制研究、物种等位基因的不平衡表达研究以及比较转录组等方向进行研究。合理利用全长优势构建实验，可以丰富实验内容，完善实验数据，更好更全面的讲述生物学故事。
图4 全长转录组应用方向
同时全长转录组也不单一局限于转录本层面研究，结合其他组学可以将研究扩展，如全长转录组结合代谢组研究转录本和代谢物变化的内在关系、全长转录组结合蛋白组将研究引入RNA-蛋白质层面，扩展研究广度和深度，解析更全面。
永利集团3044在全长转录组方面具有丰富的项目经验，已发表的物种覆盖哺乳动物、藤本植物、菊科、水产等领域。无论是在实验方案设计、测序质量保证还是数据处理和售后等方面永利集团3044都可以为各位老师提供良好的服务，欢迎各位老师咨询。
图5 菲沙部分全长转录组项目经验
TIPS
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参考文献：
[1]ALI A, THORGAARD G H, SALEM M. PacBio Iso-Seq Improves the Rainbow Trout Genome Annotation and Identifies Alternative Splicing Associated With Economically Important Phenotypes[J]. Front Genet, 2021,12:683408.
[2]YAN H, ZHOU H, LUO H, et al. Characterization of full-length transcriptome in Saccharum officinarum and molecular insights into tiller development[J]. BMC Plant Biol, 2021,21(1):228.
[3]SUN S, LIN M, QI X, et al. Full-length transcriptome profiling reveals insight into the cold response of two kiwifruit genotypes (A. arguta) with contrasting freezing tolerances[J]. BMC Plant Biol, 2021,21(1):365.
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